หน่วยงานในสังกัด กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน ประกอบไปด้วย 1. กองบังคับการอำนวยการ ฝ่ายอำนวยการ 1 ฝ่ายอำนวยการ 2 ฝ่ายอำนวยการ 3 ฝ่ายอำนวยการ 4 ฝ่ายอำนวยการ 5 ฝ่ายอำนวยการ 6 ฝ่ายอำนวยการ 7 ฝ่ายอำนวยการ 8 2. กองบังคับการสนับสนุน ฝ่ายสนับสนุน 1 ฝ่ายสนับสนุน 2 ฝ่ายสนับสนุน 3 ฝ่ายสนับสนุน 4 ฝ่ายสนับสนุน 5 3. กองบังคับการฝึกพิเศษ กองกำกับการ 1 กองกำกับการ 2 กองกำกับการ 3 กองกำกับการ 4 กองกำกับการ 5 กองกำกับการ 6 กองกำกับการ 7 กองกำกับการ 8 กองกำกับการ 9 ศูนย์ฝึกสุนัข 4. กองบังคับการสนับสนุนทางอากาศ กองกำกับการ 1 กองกำกับการ 2 กองกำกับการ 3 กองกำกับการ 4 กองกำกับการ 5 5. กองบังคับการตำรวจตระเวนชายแดนภาค 1 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 11 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 12 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 13 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 14 6. กองบังคับการตำรวจตระเวนชายแดนภาค 2 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 21 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 22 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 23 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 24 7. กองบังคับการตำรวจตระเวนชายแดนภาค 3 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 31 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 32 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 33 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 34 8. กองบังคับการตำรวจตระเวนชายแดนภาค 4 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 41 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 42 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 43 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 44 9. ศูนย์อำนวยการโครงการพัฒนาตามแนวพระราชดำริ (ห้วยทราย)